1962 yılında Diyarbakır Bismil'de doğdu. 1988‘de Medine İslam Üniversitesi, İlahiyat Fakültesi Usulüddin bölümünden mezun oldu. 1993'de Diyanet İşleri Başkanlığı İstanbul Üsküdar'da Kur'an Kursu Öğreticisi olarak göreve başladı. 1993-2000 yılları arasında İstanbul Üsküdar'da Kur'an Kursu Öğreticiliği yaptı. 2001 yılında İlçe Müftülüğü sınavını kazandı. 2001-2004 yılları arasında Kars'ın Selim İlçesi'nde ve 2004-2009 yıllarında da Isparta Senirkent İlçesi'nde İlçe Müftüsü olarak görev yaptı. 2009'da Isparta İl Müftü yardımcılığına atandı.. Diyanet İşleri Başkanlığı’nın düzenlediği hac ve umre organizasyonlarında kafile başkanı ve mütercim olarak görev yaptı. Bir çok Hizmet İçi Eğitim Kursu, panel, seminer ve konferanslarda görev aldı. Mehmet Mahfuz Ata, evli ve üç çocuk babasıdır.
1992 yılında Marmara Üniversitesi, Sosyal Bilimler Enstitüsü, Temel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı, Tefsir Bilim Dalında Prof. Dr. Sadreddin Gümüş'ün danışmanlığında Kemal Paşa Zade’nin “İbn Kemal ve Risâle fî İ'câzi'l-Kur'ân'ın Tahkiki”adlı Yüksek Lisans Tezini bitirdi. Yine 1993 yılında Marmara Üniversitesi, Sosyal Bilimler Enstitüsü, Temel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı, Tefsir Bilim Dalında Prof. Dr. Sadreddin Gümüş'ün danışmanlığında doktora çalışmasına başladı. “Kevâşî ve Tefsirdeki Metodu” isimli teziyle doktorasını 1998 yılında tamamladı.